chisurf package

chisurf.run(x)

Subpackages

• chisurf.experiments package
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    • chisurf.experiments.experiment module
    • chisurf.experiments.fcs module
    • chisurf.experiments.globalfit module
    • chisurf.experiments.modelling module
    • chisurf.experiments.reader module
    • chisurf.experiments.tcspc module
• chisurf.fio package
  • Subpackages
    • chisurf.fio.fluorescence package
      • Subpackages
        • chisurf.fio.fluorescence.fcs package
          • Submodules
            • chisurf.fio.fluorescence.fcs.asc_alv module
            • chisurf.fio.fluorescence.fcs.china module
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            • chisurf.fio.fluorescence.fcs.definitions module
            • chisurf.fio.fluorescence.fcs.fcs_yaml module
            • chisurf.fio.fluorescence.fcs.kristine module
            • chisurf.fio.fluorescence.fcs.pq_dat module
            • chisurf.fio.fluorescence.fcs.pycorrfit module
            • chisurf.fio.fluorescence.fcs.util module
      • Submodules
        • chisurf.fio.fluorescence.photons module
        • chisurf.fio.fluorescence.sdtfile module
        • chisurf.fio.fluorescence.tcspc module
        • chisurf.fio.fluorescence.tttr module
    • chisurf.fio.structure package
      • Submodules
        • chisurf.fio.structure.coordinates module
          • Requirements
          • Revisions
        • chisurf.fio.structure.density module
  • Submodules
    • chisurf.fio.ascii module
    • chisurf.fio.zipped module
• chisurf.fitting package
  • Submodules
    • chisurf.fitting.fit module
    • chisurf.fitting.parameter module
    • chisurf.fitting.sample module
    • chisurf.fitting.support_plane module
• chisurf.fluorescence package
  • Subpackages
    • chisurf.fluorescence.anisotropy package
      • Submodules
        • chisurf.fluorescence.anisotropy.decay module
        • chisurf.fluorescence.anisotropy.kappa2 module
    • chisurf.fluorescence.fcs package
      • Submodules
        • chisurf.fluorescence.fcs.correlate module
        • chisurf.fluorescence.fcs.filtered module
    • chisurf.fluorescence.fret package
      • Submodules
        • chisurf.fluorescence.fret.acceptor module
        • chisurf.fluorescence.fret.fret_line module
    • chisurf.fluorescence.pda package
    • chisurf.fluorescence.simulation package
      • Submodules
        • chisurf.fluorescence.simulation.burpy module
        • chisurf.fluorescence.simulation.dye_diffusion module
        • chisurf.fluorescence.simulation.focus module
        • chisurf.fluorescence.simulation.photon module
    • chisurf.fluorescence.tcspc package
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        • chisurf.fluorescence.tcspc.convolve module
        • chisurf.fluorescence.tcspc.corrections module
        • chisurf.fluorescence.tcspc.phasor module
        • chisurf.fluorescence.tcspc.tcspc module
  • Submodules
    • chisurf.fluorescence.general module
    • chisurf.fluorescence.intensity module
• chisurf.math package
  • Subpackages
    • chisurf.math.functions package
      • Submodules
        • chisurf.math.functions.distributions module
        • chisurf.math.functions.rdf module
        • chisurf.math.functions.special module
    • chisurf.math.linalg package
    • chisurf.math.optimization package
      • Submodules
        • chisurf.math.optimization.leastsqbound module
        • chisurf.math.optimization.mem module
        • chisurf.math.optimization.nnls module
    • chisurf.math.rand package
    • chisurf.math.reaction package
      • Submodules
        • chisurf.math.reaction.continuous module
        • chisurf.math.reaction.stochastic module
  • Submodules
    • chisurf.math.datatools module
    • chisurf.math.signal module
    • chisurf.math.statistics module
• chisurf.models package
  • Subpackages
    • chisurf.models.fcs package
      • Submodules
        • chisurf.models.fcs.fcs module
    • chisurf.models.global_model package
      • Submodules
        • chisurf.models.global_model.globalfit module
        • chisurf.models.global_model.widget module
    • chisurf.models.parse package
      • Subpackages
        • chisurf.models.parse.tcspc package
          • Submodules
            • chisurf.models.parse.tcspc.tcspc_parse module
      • Submodules
        • chisurf.models.parse.parse module
        • chisurf.models.parse.widget module
    • chisurf.models.stopped_flow package
      • Submodules
        • chisurf.models.stopped_flow.stopped_flow module
    • chisurf.models.tcspc package
      • Subpackages
        • chisurf.models.tcspc.dye_diffusion package
          • Submodules
            • chisurf.models.tcspc.dye_diffusion.dye_diffusion module
      • Submodules
        • chisurf.models.tcspc.anisotropy module
        • chisurf.models.tcspc.av_decay module
        • chisurf.models.tcspc.et module
        • chisurf.models.tcspc.fret module
        • chisurf.models.tcspc.lifetime module
        • chisurf.models.tcspc.mix_model module
        • chisurf.models.tcspc.nusiance module
        • chisurf.models.tcspc.pddem module
        • chisurf.models.tcspc.widgets module
  • Submodules
    • chisurf.models.model module
• chisurf.plots package
  • Subpackages
    • chisurf.plots.lineplot package
      • Submodules
        • chisurf.plots.lineplot.lineplot module
    • chisurf.plots.molview package
      • Submodules
        • chisurf.plots.molview.MolView module
  • Submodules
    • chisurf.plots.av_plot module
    • chisurf.plots.distribution module
    • chisurf.plots.fitinfo module
    • chisurf.plots.global_fit module
    • chisurf.plots.global_tcspc module
    • chisurf.plots.parameter_scan module
    • chisurf.plots.plot2d module
    • chisurf.plots.plotbase module
    • chisurf.plots.proteinMC module
    • chisurf.plots.wr_plot module
• chisurf.structure package
  • Subpackages
    • chisurf.structure.av package
      • Submodules
        • chisurf.structure.av.dynamic module
        • chisurf.structure.av.fps module
        • chisurf.structure.av.functions module
        • chisurf.structure.av.static module
    • chisurf.structure.potential package
      • Subpackages
        • chisurf.structure.potential.database package
          • Submodules
            • chisurf.structure.potential.database.make_unres_lookup module
      • Submodules
        • chisurf.structure.potential.cPotentials module
        • chisurf.structure.potential.potentials module
  • Submodules
    • chisurf.structure.cluster module
    • chisurf.structure.labeled_structure module
    • chisurf.structure.protein module
    • chisurf.structure.structure module
    • chisurf.structure.trajectory module

Submodules

• chisurf.base module
• chisurf.common module
• chisurf.curve module
• chisurf.data module
• chisurf.decorators module
• chisurf.parameter module
• chisurf.utils module